Godzina śmierci Pana Jezusa, trzecia po południu, jest czasem szczególnym w nabożeństwie do Miłosierdzia Bożego. O tej godzinie Pan Jezus dokonywał dzieła naszego odkupienia przez swoją mękę i śmierć na krzyżu. Razem z Nim stajemy w duchu pod krzyżem, by błagać o miłosierdzie dla siebie i świata. „O trzeciej godzinie błagaj Mojego miłosierdzia, szczególnie dla grzeszników, i choć przez krótki moment zagłębiaj się w Mojej męce, szczególnie w Moim opuszczeniu w chwili konania. Jest to godzi- na wielkiego miłosierdzia dla świata całego” (Dz. 1320). Chodzi tutaj nie tyle o godzinę zegarową, ale o moment konania Jezusa na krzyżu, czyli o modlitwę o godzinie trzeciej po południu.

Pan Jezus powiedział, aby w tym czasie łączyć się w tajemnicy Jego męki - odprawiać Drogę krzyżową, nawiedzić Najświętszy Sakrament, a jeśli na to czas nie pozwala, to w miejscu, gdzie nas zastaje trzecia godzina, choć przez krótki moment połączyć się z Nim, konającym na krzyżu. Pan Jezus mówił: Staraj się w tej godzinie odprawiać Drogę krzyżową, o ile ci na to obowiązki pozwolą; a jeżeli nie możesz odprawić Drogi krzyżowej, to przynajmniej wstąp na chwilę do kaplicy i uczcij Moje Serce, które jest pełne miłosierdzia w Najświętszym Sakramencie; a jeżeli nie możesz wstąpić do kaplicy, pogrąż się w modlitwie tam, gdzie jesteś, chociaż przez króciutką chwilę (Dz. 1572).

Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia powinna spełniać określone warunki: należy ją odprawiać o godzinie trzeciej po południu - gdy zegar wybija tę godzinę, winna być skierowana wprost do Jezusa, a w błaganiach należy się odwołać do wartości i zasług Jego bolesnej męki. Modlitwa ta jest osobną formą kultu Miłosierdzia Bożego, z którą Jezus związał określoną obietnicę i sposoby jej praktykowania. O trzeciej godzinie po południu możemy też praktykować odmawianie Koronki do Miłosierdzia Bożego, aczkolwiek nie musi być ona łączona z Godziną Miłosierdzia.

Godzinę swej śmierci jako Godzinę Miłosierdzia nazwał sam Pan Jezus w październiku 1937 roku w Krakowie , gdy przekazywał Siostrze Faustynie kolejną formę kultu w nabożeństwie do Miłosierdzia Bożego. Polecenie uczczenia godziny swej śmierci powtórzył kilka miesięcy później, w lutym 1938 roku, określając jej cel, sposób obchodzenia i ponawiając obietnicę do niej przywiązaną. Przypominam ci, córko Moja – mówił do Siostry Faustyny – że ile razy usłyszysz, jak zegar bije trzecią godzinę, zanurzaj się cała w miłosierdziu Moim, uwielbiając i wysławiając je; wzywaj jego wszechmocy dla świata całego, a szczególnie dla biednych grzeszników, bo w tej chwili zostało [ono] na oścież otwarte dla wszelkiej duszy. (...) W tej godzinie stała się łaska dla świata całego – miłosierdzie zwyciężyło sprawiedliwość (Dz. 1572). W tej godzinie dokonało się dzieło odkupienia człowieka. Jezus zadośćuczynił Bogu za nasze grzechy przez swą mękę i posłuszeństwo aż do śmierci, i w ten sposób pojednał nas z Ojcem, otworzył zamknięte przez Adama bramy nieba. Na krzyżu miłosierdzie zwyciężyło sprawiedliwość, nie przekreśliło jej, ale wypełniając przekroczyło jej miarę.

W chwili konania Jezusa na krzyżu mamy więc rozważać tajemnicę miłosierdzia Bożego, która najpełniej objawiła się właśnie w męce i śmierci Wcielonego Syna Bożego. Choć przez krótki moment – prosił Pan Jezus – zagłębiaj się w Mojej męce, szczególnie w Moim opuszczeniu w chwili konania (Dz. 1320). Rozmyślanie nad męką Pańską prowadzić ma do uwielbiania i wysławiania miłosierdzia Jezusa, a także – zgodnie z Jego życzeniem – do błagania o miłosierdzie Boże dla całego świata, a szczególnie dla grzeszników, którzy są w największej potrzebie.

Do tak praktykowanej modlitwy w Godzinie Miłosierdzia przywiązał Pan Jezus obietnicę wszelkich łask i doczesnych dobrodziejstw. W tej godzinie – mówił do Siostry Faustyny – nie odmówię duszy niczego, która Mnie prosi przez mękę Moją (Dz. 1320). A innym razem dodał: W godzinie tej uprosisz wszystko dla siebie i dla innych (Dz. 1572).