Wspólnota powstała w 1996 roku, po obchodach piątej rocznicy wizyty Jana Pawła w Białymstoku. Wówczas zbudowano przy świątyni tzw. Ołtarz papieski, rekonstrukcję ołtarza celebry papieskiej na Krywlanach z 5 czerwca 1991 roku. Wkrótce po uroczystościach rocznicowych, grupa wiernych, w tym harcerzy, zainicjowała wieczorną modlitwę w Godzinie Apelu Jasnogórskiego. Inicjatywa ta przerodziła się w stałą modlitwę parafian i innych wiernych Białegostoku.

Kilka razy w roku, w dni związane z osobą Św. Jana Pawła II - 5 czerwca, 2 kwietnia, 16 lub 22 października - Apel ma zasięg ogólnomiejski. Obecnie na tej wieczornej modlitwie, która kończy adorację Najświętszego Sakramentu gromadzi się od kilkunastu do kilkudziesięciu wiernych.